Bağışıklık sistemini oluşturan elemanlardan herhangi birinin yokluğu ya da işlev bozukluğuna bağışıklık sistemi hastalıkları denir. Bağışıklık sistemini oluşturan hücreler ya da proteinlerin eksikliğinde ya da fonksiyon bozukluklarında vücuda giren zararlı etkenlere karşı mücadelede zayıflık başlar.
Hastaların en belirgin özelliği tekrarlayan, ağır enfeksiyonlar geçirmeleridir. Bazı bağışıklık sistemi hastalıkları doğuştan gelen hastalıklardır. Bazıları ise AIDS hastalarında, kemoterapi gören kanser hastalarında olduğu gibi sonradan gelişebilir. Bağışıklık sistemi hastalıkları farklı şekillerde görülür ve nedene özgü tedavi edilirler. Kalıtsal geçiş gösteren durumlarda genetik danışma ile önleyici tedbirler alınmalıdır. Uygun hastalarda kemik iliği, kök hücre ve timüs nakilleri veya gen tedavisi ile başarılı sonuçlar elde edilebilmektedir.
Bağışıklık sisteminin bazı hastalıklarında ise eksik olan maddenin damardan verilerek yerine konması mümkün olabilmektedir. Bağışıklık sistemi hastaları enfeksiyonlardan korunmak için koruyucu dozda antibiyotik alırlar, enfeksiyona maruz kalındığında uygun doz antibiyotiklerle uzun süre tedavi edilmelidirler.
Bağışıklık sistemi hastalıklarında erken tanı ile hastaları organ hasarından korumak temel amaçlardandır. Hastaların alerji ve immunoloji uzmanı tarafından yakın takibi önemlidir.